Max é um solitário garoto de dez anos que se perde em seu próprio mundo de fantasia para escapar das confusões diárias. Quando ele descobre que os super-heróis de sua imaginação podem ser mais reais do que ele pensava, seu mundo se transforma completamente. Max parte em uma viagem interplanetária rumo ao planeta Baba, onde conhece Sharkboy e Lavagirl, jovens heróis que enfrentam uma perigosa ameaça: o Sr. Elétrico, que tem por objetivo acabar com os sonhos para sempre.
Neste desenho animado, as formigas estão cansadas de sofrer ataques constantes a seu formigueiro e encolhem um menino destruidor chamado Lucas, que é condenado a viver entre elas até que perceba seus erros. Ajudado pelos insetos guardiões, Lucas descobre um mundo que nunca soube que existia e logo junta forças com seus novos amigos para combater um exterminador que ameaça o formigueiro.
Apesar de sua enorme paixão por Giselle, Elliot precisa adiar seu casamento por um tempo, pois Salsicha foi raptado por um grupo de animais domésticos mimados determinados a devolvê-lo aos seus antigos donos. Assim, Boog, Elliot, McSquizzy, Buddy e as outras criaturas da floresta acabam vivendo uma aventura animal.
Depois de ser picado por uma aranha geneticamente modificada em uma demonstração científica, o jovem nerd Peter Parker ganha superpoderes. Inicialmente, ele pretende usá-los para para ganhar dinheiro, adotando o nome de Homem-Aranha e se apresentando em lutas de exibição. Porém, ao presenciar o assassinando de seu tio Ben e sentir-se culpado, Peter decide não mais usar seus poderes para proveito próprio e sim para enfrentar o mal, tendo como seu primeiro grande desafio o psicótico Duende Verde.
Após se reencontrarem e reativarem a Mistérios S.A., Fred, Daphne, Salsicha, Velma e Scooby-Doo partem rumo a Coolsville para desvendar mais um mistério. Lá está um homem mascarado, que planeja usar uma máquina criadora de monstros para controlar o lugar. Em meio às investigações, eles conhecem Patrick Wisely, o curador do museu local, e ainda Heather Jasper-Howe, uma repórter que se apaixona por Fred e tem como missão descreditar as investigações do grupo.