Flint e seus amigos são obrigados a deixar Boca Grande após a desastrosa tempestade de comida atingir a cidade. Sem saída, ele aceita o convite de seu ídolo, Chester V., e se junta à The Live Corp Company, que reúne os melhores inventores do mundo. No entanto, ao descobrir que sua máquina ainda está funcionando e agora cria perigosas comidas animalescas mutantes, Flint decide retornar e tentar salvar o mundo.
O relacionamento entre Peter Parker e Mary Jane parece estar dando certo, mas outros problemas começam a surgir. A roupa de Homem-Aranha torna-se preta e acaba controlando Peter - apesar de aumentar seus poderes, ela revela e amplia o lado obscuro de sua personalidade. Com isso, os vilões Venom e Homem-Areia tentam destruir o herói.