Um exército interminável de demônios sombrios, empenhados na destruição de todas as realidades, assola todas as Terras paralelas. A única coisa que se opõe a eles é a mais poderosa equipe de meta-humanos já reunida. Mas nem mesmo o poder combinado de Superman, Batman, Mulher-Maravilha, Lanterna Verde e todos os seus colegas super-heróis consegue retardar o ataque dessa horda invencível.
Após os pais de Ruby e de seu irmão mais novo Rhett serem mortos em um acidente de carro, os melhores amigos de seus pais, Erin e Terry Glass, tornam-se seus guardiões. As crianças ouvem promessas de um mundo de opulência e diversão na Califórnia e tudo o que eles têm de fazer é mudarem-se para a casa da família Glass. Logo, Ruby suspeita que Erin e Terry não são os guardiões ideais que pareciam ser.
John Form acha que encontrou o presente ideal para sua esposa grávida, uma boneca vintage. No entanto, a alegria do casal não dura muito. Uma noite terrível, membros de uma seita satânica invadem a casa do casal em um ataque violento. Ao tentarem invocar um demônio, eles mancham a boneca de sangue, tornando-a receptora de uma entidade do mal.
No extremo do Hemisfério Norte, o vilarejo de Barrow, no Alasca, tem um mês inteiro de escuridão todo ano. Mesmo com a maioria dos residentes viajando para o sul durante o inverno, alguns acabam ficando em Barrow. No entanto, aqueles que ficam acabam se arrependendo, pois vampiros famintos chegam ao vilarejo para se alimentarem. Diante da ameaça, o policial Eben, sua esposa e um grupo de moradores fazem de tudo para sobreviver.
Alienígenas chegam à Terra em busca de refúgio e passam a viver separados dos humanos em uma área na África do Sul chamada Distrito 9. Eles são comandados pela multinacional United, que não se importa com o bem-estar dos visitantes, mas se dispõe a tudo para dominar a tecnologia que eles possuem. Quando um agente em campo contrai um vírus que altera o seu DNA, o distrito passa a ser o único lugar em que ele pode se esconder.
Após derrotar as máquinas em seu combate inicial, Neo ainda vive na Nabucodonosor ao lado de Morpheus, Trinity e Link, o novo tripulante da nave. As máquinas estão realizando uma grande ofensiva contra Zion, onde 250 mil delas escavam rumo à cidade e podem alcançá-la em poucos dias. A Nabucodonosor é convocada para retornar a Zion e participar da reunião que definirá o contra-ataque para salvar a humanidade da extinção. Entretanto, um recado enviado pelo Oráculo faz com que Neo retorne à Matrix.